무허가건물의 부수토지 사업용?조심2013중2353, 2013.08.21
2020-06-06 18:19:02
【제목】
쟁점토지는 공부상 지목이 ‘전’이나 그 지상에 쟁점건물이 있었음이 확인되므로 사실상 지목은 ‘대지’라고 보아야 하고, 그 지상의 무허가건물인 쟁점건물로 인해 종합합산과세대상으로 분류되어 재산세가 부과되어 왔으므로 비사업용토지에 해당함 (경정)
【주문】
○○○세무서장이 2012.11.19. 청구인에게 한 2011년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은
1. ○○○ 토지 1,322㎡ 중 하치장 등으로 사용한 부분이 있는지를 재조사하여 하치장ㆍ야적장ㆍ적치장으로 사용한 면적은 비사업용 토지에서 제외하고,
2. 동 소재 무허가 건물 219.3㎡○○○의 철거비용 중 청구인이 부담한 OOO원은 필요경비에 산입하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,
3. 나머지 심판청구는 기각한다.
【이유】
1. 처분개요
가. 청구인은 1975.1.24. 취득한 ○○○ 전 1,322㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2011.11.19. 양도(양도가액 OOO원)하고 쟁점토지를 사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하여 2011.12.28. 양도소득과세표준 예정신고ㆍ납부를 하였다.
나. 처분청은 2012년 8월경 실시한 청구인에 대한 양도소득세 조사결과 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당한다고 보아 장기보유특별공제액(OOO원)을 배제하고 2012.11.9. 청구인에게 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
다. 청구인은 이에 불복하여 2013.1.11. 이의신청을 거쳐 2013.5.7. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 청구인은 2011.11.18. 쟁점토지와 함께 그 지상 무허가건물 857㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 양도하였으나 쟁점건물이 공부상 등재되어 있지 않아 양도소득세 과세대상에서 제외되는 것으로 오인하여 쟁점토지에 대해서만 양도차익을 산정하여 양도소득세 예정신고 및 납부를 하였고, 이에 처분청은 2012년 10월경 청구인의 양도소득세 신고내용에 대하여 세무조사를 실시한 후 쟁점토지가 비업무용 토지에 해당한다고 하면서 청구인이 양도소득세 신고시 양도차익에서 공제한 장기보유특별공제액○○○을 부인하였는데, 양도차익 계산시 양도가액에 포함된 쟁점건물의 양도차손을 반영하여 재계산하여야 하고, 쟁점토지는 사업용 토지에 해당되므로 장기보유특별공제액을 공제함이 타당하다.
(2) 청구인이 쟁점토지상에 무허가 건물인 쟁점건물이 있었음에도 미처 그 사실을 모르고 쟁점토지만을 양도자산으로 하여 양도소득세를 신고ㆍ납부한 것은 잘못이나, 부동산매매계약서상에 쟁점건물이 존재하고 있었음이 명백히 나타나고 있고, 더구나 2011년 8월경에는 쟁점건물에 대하여 ○○○구청장이 부과한 재산세도 납부하였으므로(다만, ○○○구청장은 쟁점건물의 면적이 219.3㎡라고 보았지만 인근 주민들의 확인서에 의하면 그 면적은 857㎡ 정도인데, 약 990㎡ 중 857㎡ 정도만 측량사무소 항공사진 측량으로 쟁점건물의 바닥면적으로 환산하였음), 양도가액에 포함된 쟁점건물의 양도차손을 반영하여 양도차익을 재계산함이 타당하다.
(3) 한편, 처분청은 쟁점토지 양도당시에 그 지목이 사실상 ‘대지’라고 하여 이를 비사업용 토지로 판단하였지만, 청구인은 1974년경 쟁점토지를 취득하여 1986년까지 직접 농사를 지어 오다가 건강 등 개인적인 사정으로 잠시 휴농하고 있던 중에 생활비에 보탬이 되고자 1987년경부터 쟁점토지를 사업자(가장 최근의 임차인은 가구 도소매 및 제조업자인 ‘○○○가구’임)에게 임대한 사실이 청구인의 임대업 사업자등록증○○○과 2009년 제1기 부동산임대공급가액명세서에 의하여 확인되므로, 쟁점토지는 자경농지 및 임대사업용 대지로서 사업용으로 이용한 기간과 사업용 사용면적 및 수입금액 등에 비추어 볼 때, 거주 또는 사업과 직접 관련이 있는 토지라 할 것이다.
즉, 취득일부터 1986.12.31.까지 12년간, 1987.1.1.부터 2011.11.1.까지 24년 10개월간 각각 자경농지와 임대용으로 사용하였고, 쟁점토지는 하치장ㆍ야적장ㆍ적치장 등의 토지로서 실제 매년 최대 임대면적이 쟁점토지 면적의 120％를 초과하지 아니하였으며(무허가건물 면적 857㎡×120％=1,028㎡, 가구적치장 등 사용면적 294㎡), 임차인이 도소매업 영위시 수입금액 10％를 적용한다면 청구인 입장에서 가장 최근에 임대하였던 임차인 ‘○○○가구’(사무용가구 도소매업 일반과세자로 알고 있음)의 과세기간별 사업관련 수입금액은 알 수 없지만 최소한 쟁점토지의 기준시가 대비 10％ 이상이 분명하므로 사업용 사용기간과 면적 및 수입금액 등을 충족하였다고 보아야 한다.
(4) 이와 같이 청구인은 쟁점토지를 1974년도에 취득하여 농사를 짓다가 부득이 1991년 4월부터 무허가 건물인 쟁점건물을 지어 임대하였는데, 이를 계속하여 임대하는 과정에서 임차인들이 건물을 임의대로 증축하여 사용함으로써 나중에는 거의 쟁점토지만큼 그 면적이 늘어나 항공사진에서 보듯이 쟁점토지 양도당시에는 그 면적이 857㎡(측량사무소 측정)로 되었고, 쟁점토지 양도당시 쟁점건물도 같이 양도하는 것으로 계약서를 작성하였음에도, 처분청이 쟁점토지만 양도하는 것으로 판단한 이유에 대하여는 납득이 되지 않으므로 이 건 양도소득세 부과처분은 실질내용에 따라 경정함이 타당하다.
나. 처분청 의견
(1) 청구인은 1974년 쟁점토지를 취득한 후 1986.12.31.까지는 농지로 사용하였고, 1987.1.1.부터 양도시까지는 쟁점건물을 신축하여 하치장 등으로 사용하였으므로 사업용 토지에 해당된다고 주장하나, 부동산 임차내역 등을 확인한 결과 실제로는 「소득세법 시행령」 제168조의11의 규정에 해당되지 아니할 뿐더러 쟁점토지상의 건물은 무허가 건물로서 사용승인(임시 사용승인 포함)을 받지 아니한 채 사용하는 건물이고, 고양시 덕양구청장에게 확인한 결과 쟁점토지가 종합합산과세대상 토지로 분류되어 과세된 해당기간이 「소득세법 시행령」 제168조의6에 해당되므로, 쟁점토지는 「소득세법」 제104조의3 제1항 제4호 나목에 따른 비사업용 토지라 할 것이어서 장기보유특별공제 대상으로 볼 수 없다.
(2) 청구인은 인근 주민들의 확인서 등을 제시하며 무허가 건물의 면적이 857㎡라고 주장하나, ○○○구청장의 재산세 부과내역서상에는 그 면적이 219.3㎡로 기재되어 있을 뿐 정확한 면적은 불분명하고, 부동산매매계약서에는 매수인이 쟁점건물을 철거하는 것으로 하되 철거비용의 일부인 OOO원은 매도인이 부담하는 것으로 되어 있는 이상, 실질과세원칙에 따라 쟁점토지만 양도한 것으로서 안분계산할 이유는 없다 할 것이어서 쟁점토지 전체를 비사업용 토지로 보아 결정한 당초 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
(1) 쟁점토지는 사업용 토지에 해당되므로 장기보유 특별공제액을 부인한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부
(2) 쟁점토지에 대한 양도차익 계산시 쟁점건물(무허가건물)의 양도차손을 반영하여야 한다는 청구주장의 당부
(3) 청구인이 부담한 쟁점건물 철거비용(OOO원)을 양도자산의 필요경비에 산입할 수 있는지 여부(직권심리)
나. 관계법령
(1) 소득세법(2012.1.1. 법률 제11146호로 개정되기 전의 것)
제94조【양도소득의 범위】
① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 토지[「측량ㆍ수로조사 및 지적에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다】 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득
제95조【양도소득금액】
① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.
② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
표1
| 보유기간 | 공제율 |
| 3년 이상 4년 이하 | 100분의 10 |
| 4년 이상 5년 이하 | 100분의 12 |
| 5년 이상 6년 이하 | 100분의 15 |
| 6년 이상 7년 이하 | 100분의 18 |
| 7년 이상 8년 이하 | 100분의 21 |
| 8년 이상 9년 이하 | 100분의 24 |
| 9년 이상 10년 이하 | 100분의 27 |
| 10년 이상 | 100분의 30 |
표2
| 보유기간 | 공제율 |
| 3년 이상 4년 이하 | 100분의 24 |
| 4년 이상 5년 이하 | 100분의 32 |
| 5년 이상 6년 이하 | 100분의 40 |
| 6년 이상 7년 이하 | 100분의 48 |
| 7년 이상 8년 이하 | 100분의 56 |
| 8년 이상 9년 이하 | 100분의 64 |
| 9년 이상 10년 이하 | 100분의 72 |
| 10년 이상 | 100분의 80 |
④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조 제4항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)한다.
제96조【양도가액】
① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 따른다.
제97조【양도소득의 필요경비 계산】
① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액
가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가
나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액
2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것
② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.
1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.
가. 제1항 제1호 가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액
나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 “의제취득일”이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액
다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액
2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서, 같은 호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.
가. 제1항 제1호 나목에 따른 환산가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액
나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액
제100조【양도차익의 산정】
① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.
② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
제104조【양도소득세의 세율】
① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.
8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지
제104조의3【비사업용 토지의 범위】
① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 “비사업용 토지”란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
1. 논ㆍ밭 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것
가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.
나. 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역(「지방자치법」 제3조 제4항에 따른 도농 복합형태인 시의 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 농지. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.
4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지
나. 「지방세법」 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지
다. 토지의 이용 상황, 관계 법률의 의무 이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것
(2) 소득세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23588호로 개정되기 전의 것)
제163조【양도자산의 필요경비】
① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 “취득에 든 실지거래가액”이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.
1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)
③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용
제168조의6【비사업용 토지의 기간기준】
법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.
1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간
가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.
제168조의8【농지의 범위 등】
① 법 제104조의3 제1항 제1호에서 “농지”라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소(池沼)ㆍ농도ㆍ수로 등의 토지 부분을 포함한다.
② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 “소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지”라 함은 농지의 소재지와 동일한 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 있는 지역에 주민등록이 되어 있고 사실상 거주(이하 “재촌”이라 한다)하는 자가 「농지법」 제2조 제5호의 규정에 따른 자경(이하 “자경”이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다.
④ 법 제104조의3 제1항 제1호 나목 본문에서 “대통령령으로 정하는 지역”이란 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 녹지지역 및 개발제한구역을 말한다.
⑥ 법 제104조의3 제1항 제1호 나목 단서에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 2년을 말한다.
제168조의11【사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위】
① 법 제104조의3 제1항 제4호 다목에서 “거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
7. 하치장용 등의 토지
물품의 보관ㆍ관리를 위하여 별도로 설치ㆍ사용되는 하치장ㆍ야적장ㆍ적치장 등(「건축법」에 따른 건축허가를 받거나 신고를 하여야 하는 건축물로서 허가 또는 신고없이 건축한 창고용 건축물의 부속토지를 포함한다)으로서 매년 물품의 보관ㆍ관리에 사용된 최대면적의 100분의 120이내의 토지
⑦ 법 제104조의3 제1항을 적용할 때 업종의 분류는 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 「통계법」에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른다.
(3) 지방세법(2011.12.2. 법률 제11108호로 개정되기 전의 것)
제106조【과세대상의 구분】
① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.
2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지. 다만, 제1호 가목 및 나목에 따른 토지는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.
가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지
나. (생략)
3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지
가. 공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지
(4) 지방세법 시행령(2011.12.31. 대통령령 제23482호로 개정되기 전의 것)
제101조【별도합산과세대상 토지의 범위】
① 법 제106조 제1항 제2호 가목에서 “공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다. 다만, 「건축법」 등 관계 법령에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니하고 사용 중인 건축물의 부속토지는 제외한다.
1. 특별시지역ㆍ광역시지역 및 시지역(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역은 제외한다)의 공장용 건축물의 부속토지로서 공장용 건축물의 바닥면적(건축물 외의 시설의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 범위의 토지
가.ㆍ다. (생략)
2. 건축물(제1호에 따른 공장용 건축물은 제외한다)의 부속토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적(건축물 외의 시설의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위의 토지
가.ㆍ나. (생략)
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구인은 1975.1.24. 취득한 쟁점토지를 2011.11.29. 양도하였는데, 쟁점토지를 양도하면서 작성한 2011.8.22.자 매매계약서에는 대상 부동산으로 “쟁점토지”가, 매매대금으로 “OOO원”이, 그 특약사항으로 “현장방문 후 무허가 건물 확인 후 현 상태에서 계약임. 등기부등본, 지적도, 토지이용계획확인원, 토지대장, 창고가설계 각 1부씩 첨부. 본 토지(쟁점토지) 무허가 건물은 매수인이 철거하는 것으로 하되 얼마가 되었던 OOO원을 매도인이 일부 철거비용 부담”이 각각 기재되어 있다.
(2) 청구인은 쟁점토지를 양도할 당시 지상에 무허가 건물인 쟁점건물이 있었다고 하면서 ○○○구청장이 작성 관리하고 있는 2011년도 재산세(건축물등) 과세대장과 재산세(건물분) 납부영수증을 제출하였는데, 재산세 과세대장에는 쟁점건물은 1987.1.1. 신축되었고, 그 면적은 219.3㎡(관리번호 101은 102.2㎡, 102는 117.1㎡)인 것으로 기재되어 있으며, 이에 대한 2011년도 재산세(건물분) 부과액은 OOO원(지역자원시설세 등 포함)인 것으로 나타나고 있다.
또한, 청구인은 쟁점토지상에는 거의 대부분 무허가 건물이 있었고, 그 바닥면적은 857㎡라고 주장하면서 인터넷포털사이트 다음(Daum)의 항공사진(2008년〜2011년)과 인근 주민인 고갑재 외 1인이 작성한 확인서(작성일자 미상)를 제출하고 있는데, 그 확인서에는 “쟁점토지상에는 990㎡(가로 49.5㎡ × 세로 20㎡) 규모의 건축물이 실제 존재했었고, 2011년도 양도시까지 가구공장으로 사용하여 왔었던 사실을 동네 주민으로서 확인한다”라고 기재되어 있다.
(3) 2008.1.1. ○○○세무서장이 교부한 청구인의 사업자등록증(등록번호 ○○○)에는 개업연월일이 “1991.4.1.”로, 사업장소재지는 쟁점토지 소재지인 “○○○”으로, 사업의 종류는 “부동산업(점포 ; 자기땅)”으로 각각 기재되어 있고, 청구인이 제시한 2009년 제1기 부동산임대공급가액명세서상 수입금액 내용은 아래 <표1>과 같다.
(4) 처분청이 제시한 쟁점토지에서의 사업자기본사항 조회내역은 아래 <표2>와 같다.
(5) 처분청의 청구인에 대한 양도소득세 조사종결보고서(2012년 9월)에는 “쟁점토지는 1975년 취득하여 약 15년간 직접 자경하였으나, 이후 공장(무허가 건물)을 지어 임차하였으나 2011년 6월 이후 공실인 상태에서 양도함. 본 토지상에 건물이 무허가로 토지분 재산세는 종합합산과세대상으로 과세됨. 본 토지상에 임대사업자○○○, 개업일 1991.4.1., 폐업일 2011.6.30.)를 영위하고 부가가치세, 종합소득세를 신고 납부함. 상기 지번의 건물 619.95㎡는 2012.6.4. 사용승인으로 양도일 이후 신축된 건물임. 장기보유 공제 적정성 여부 검토시, 무허가 일반 건물(쟁점건물)은 비사업용 토지에 해당되며, 임차인 중 비사업용 제외 업종을 영위하는 사업자가 없으므로 장기보유 공제대상이 아님”으로 기재되어 있다.
(6) 먼저, 쟁점①에 대하여 본다.
「소득세법」 제104조의3 제1항 제4호 나목, 「지방세법」 제106조 제1항 제2호 가목 및 같은 법 시행령 제101조 제1항의 규정에 비추어 볼 때, 쟁점토지는 공부상 지목이 ‘전’이나 그 지상에 쟁점건물이 있었음이 확인되므로 사실상 지목은 ‘대지’라고 보아야 하고, 그 지상의 무허가 건물인 쟁점건물로 인해 종합합산과세대상으로 분류되어 재산세가 부과되어 왔으므로 사업용 토지에서 제외된다 할 것이나, 「소득세법」 제104조의3 제1항 제4호 다목 및 같은 법 시행령 제168조의11 제1항 제7호는 비사업용 토지에서 제외되는 토지의 하나로 하치장용 등의 토지로서 물품의 보관ㆍ관리를 위하여 별도로 설치ㆍ사용되는 하치장ㆍ야적장ㆍ적치장 등(「건축법」에 따른 건축허가를 받거나 신고를 하여야 하는 건축물로서 허가 또는 신고없이 건축한 창고용 건축물의 부속토지를 포함한다)으로서 매년 물품의 보관ㆍ관리에 사용된 최대면적의 100분의 120 이내의 토지를 열거하고 있으므로, 쟁점토지가 청구인 또는 그 임차인이 운영하는 사업과 관련하여 물품의 보관장소 등으로 사용하였다면 비사업용 토지에서 제외되어야 할 것이다(조심 2009중3535, 2009.12.28. 같은 뜻).
이 건의 경우, 청구인은 1987.1.1. 쟁점토지상에 쟁점건물을 신축한 후 이를 임대하여 제조업 또는 도소매업 등을 영위하는 임차인들이 사업자등록을 하고 사용하였음이 처분청이 제출한 쟁점토지에서의 사업자기본사항 조회내역에서 확인되고 있고, 그 규모 등으로 보아 쟁점토지를 하치장 등으로 실제 사용한 면적이 있었다고 보이며, 인근 주민의 확인서에도 쟁점건물의 면적이 857㎡에 이른다고 되어 있는 반면에, 이러한 부분에 대한 조사가 이루어지지 아니한 것으로 보이므로 청구인이 쟁점토지를 실제 하치장ㆍ야적장ㆍ적치장으로 사용하였는지 여부를 재조사하여 확인되는 면적을 제외한 나머지 면적은 비사업용 토지로 봄이 타당하다고 판단된다.
(7) 쟁점②에 대하여 본다.
「소득세법」 제94조 제1항 제1호 및 같은 법 제97조 제1항에서 거주자의 양도차익 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비로 당해 양도자산의 취득가액, 대통령령이 정하는 자본적 지출액, 양도비 등으로 규정하고 있는데, 이는 양도한 자산에 포함되지 아니한 자산의 취득가액은 양도가액에서 공제할 수 있는 필요경비로 인정하지 아니하는 것으로 해석된다.
이 건의 경우, 부동산 매매계약서상에는 쟁점토지만이 양도자산으로 표기되어 있고, 쟁점토지 양수인은 취득 전인 2011.11.7. 이미 건축허가를 받고 2011.12.6. 공사에 착공한 사실에 비추어 쟁점토지와 쟁점건물이 함께 양도되었다고 보기는 어려운 점, 매매계약서상 특약사항으로 쟁점건물은 매수인이 철거하는 것으로 하되 청구인이 그 일부인 3백만원을 부담한다고 기재되어 있다고 하여 쟁점건물이 쟁점토지와 함께 양도되었다가 이후 매수인에 의하여 철거되었다고 단정 짓기는 어려운 점 등으로 볼 때, 쟁점건물은 양도대상 자산으로 볼 수는 없다 할 것이어서 이에 대한 양도차손을 쟁점토지 양도차익 계산시 반영하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(8) 쟁점③에 대하여 본다.
한편, 부동산 매매계약서상에는 청구인이 쟁점건물 철거비용 일부인 3백만원을 부담하기로 표기되어 있어 이는 청구인이 부담할 수밖에 없는 비용으로 보이고, 쟁점토지 매수인은 취득 이후 건물을 신축한 사실 등으로 볼 때, 위 비용은 청구인이 쟁점토지를 양도하면서 부득이하게 지출하지 않으면 안 되는 비용으로서 쟁점토지의 이용편의를 위하여 지출한 장애철거비용으로 보는 것이 합리적이라 하겠으므로, 이를 쟁점토지 양도차익 계산시 필요경비에 산입하는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2011서3773, 2012.10.29. 참고).
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.