비영리법인

종중농지 고유목적사업에 직접 사용여부

세무전문가 2022. 10. 9. 12:37

2021-12-17 00:37:42


[전심번호]

조심-2018-중-2056, 2018.09.04

귀속연도 2016

전심번호  ▶ 조심-2018-중-2056[심판]

[ 제 목 ]
쟁점토지가 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용된 것으로 볼 수 있는지 여부
[ 요 지 ]
청구법인의 문중원들이 쟁점토지를 경작하고 그 소출을 판매하여 종중시제의 제물을 준비하는 등 고유목적사업 수행에 간접적으로 기여한 것에 불과한 점 등으로 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없음
[ 결정내용 ]
결정 내용은 붙임과 같습니다.
 
주 문
OOO세무서장이 2018.3.6. 청구법인에게 한 2016사업연도 법인세 OOO원 및 2016년 귀속 농어촌특별세 OOO원(납부불성실가산세 OOO원 포함)의 부과처분은, 2016년 귀속 농어촌특별세 납부불성실가산세를 산정함에 있어 미납부세액을 OOO원으로 하여 그 세액을 경정하고, OOO 외 6필지 9,851㎡의 양도로 인한 양도소득이 「조세특례제한법」 제77조에 따른 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면대상에 해당한다는 심판청구는 이를 각하하며, 나머지 심판청구는 기각한다.
 

이 유

 1. 처분개요

 가. 청구법인은 2013.2.21. 법인으로 보는 단체로 승인받은 종중으로, <별지> 기재 OOO 외 6필지 9,851㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 등을 매매를 원인으로 1968.9.7. 취득하여 보유하다가 OOO 고속도로 건설사업과 관련하여 2013.10.15. 국가에 양도(수용)하였으며, 이후 청구법인과 OOO 간 소유권 관련 소송으로 인하여 쟁점토지 수용보상금을 공탁하였다가 법원 판결(대법원 2016.5.12. 선고 2014다87366 판결)에 따라 2016.5.20. 공탁된 보상금을 수령한 후, 「국세기본법」에 따른 법인으로 보는 단체가 아닌 「소득세법」에 따른 거주자 자격으로 2016.7.29. 양도소득세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

 나. 처분청은 청구법인이 신고한 위 양도소득세 및 농어촌특별세를 기납부세액으로 하고,  공익사업용 토지등에 대한 양도소득세 감면세액을 OOO원으로 하여 법인세 총결정세액에서 차감하고 2018.3.6. 청구법인에게 2016사업연도 법인세 OOO원 및 2016년 귀속 농어촌특별세OOO원(납부불성실가산세 OOO원 포함)을 경정ㆍ고지하였다.

 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.4.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

 가. 청구법인 주장

  (1) 쟁점토지는 청구법인 선산 인근에 소재한 농지로 문중원들이 위 농지를 경작하고 경작물을 팔아 시제의 제물을 사는데 충당하는 등 청구법인이 고유목적사업을 위하여 직접 사용해온 고정자산으로 그 처분으로 인한 수입은 「법인세법」상 비과세소득에 해당한다(주위적 청구).

   청구법인의 문중 규약 제2조에서 “숭조, 친목, 상호부조 및 문중의 번영을 도모”함을 목적으로 하고, 제12조에서 위 목적을 달성하기 위해 ① 문중 번영과 사회공헌을 위하여 육영, 출판, 문화사업, ② 문중 보호 및 종손 부양상조 관혼상제 협조, ③ 기타 문중의 유익한 사업을 행한다고 규정하고 있다. 위 규약은 2010.11.20. 개정된 것인데 개정 전 규약 제4조는 ① 문중 재산 관리ㆍ보호 육성, ② 연중행사 및 제향, ③ 사당 및 재실의 관리ㆍ보존, ④ 선산ㆍ위답ㆍ분묘의 보호ㆍ관리, ⑤ 기타 제반 문중행사의 주재를 사업으로 한다고 규정하고 있다. 이와 같이 청구법인은 문중의 재산관리에 역점을 두어 왔다.

   일반적으로 종중의 성격으로 볼 때, 시제와 묘지 관리는 중중의 가장 중요한 업무에 해당하고, 시제를 모시고 묘지를 관리하는 비용을 마련하기 위하여 선산 인근 토지에서 농작물을 경작하여 제사비용을 마련하는 경우 종중의 고유목적사업에 직접 사용되는 것으로 보아야 하는바, 청구법인은 이를 규약상 목적사업에 명시함으로써 이를 명백히 하고 있었다.

   한편, 관리란 시설이나 물건의 유지, 개량 따위를 하는 것을 말하는 바, 종중이 종중 소유 농지를 관리하려면 당연히 농지를 경작하는 방법 밖에 없으므로 청구법인이 문중 소유의 농지를 경작하는 것 자체로도 문중재산을 관리하는 것으로 볼 수 있다. 이에 더 나아가 그 농지를 경작하여 나온 경작물을 판매하여 사당 및 재실의 관리ㆍ보존, 제향에 필요한 비용으로 사용한다면, 그 농지는 종중의 고유목적사업에 직접 사용되는 고정자산이라고 볼 수밖에 없다.

   특히, 쟁점토지의 대략적인 위치는 청구법인 문중 선산의 인근에 위치하며, 쟁점토지 인근 제실에 거주하는 문중원으로서 18대 종손인 양OOO가 최근까지 직접 경작하였다. 그리고 양OOO는 청구법인의 종손으로서 쟁점토지를 경작하면서 수확한 농작물 등을 직접 제사에 사용하거나 수확한 농작물을 판매하여 청구법인 시제의 제물을 준비하는 등 청구법인의 고유목적사업을 수행하는데 필요한 비용을 충당하였다. 청구법인 문중원인 양OOO가 쟁점토지를 과거부터 계속하여 경작하여 왔음은 문중원 모두가 잘 알고 있고 이는 그들이 작성한 사실확인서에 의해 확인된다.

   2004년 경 청구법인이 보유하고 있던 다른 토지인 OOO 토지가 구 OOO에 수용되었을 때 양도소득세를 신고하면서 문중원들인 양OOO 외 18인이 작성하여 과세관청에 제출한 사실확인서를 보면, 1960년대부터 인근에 거주하는 18대 종손인 문중원이 매년 시제, 종산 및 농지 선산묘를 관리하면서 경작하였다는 사실이 기재되어 있다.

   이처럼 아주 오래 전부터 쟁점토지를 관리하기 위하여 문중원들이 쟁점토지 인근 제실에 거주하면서 농지를 경작하였던 바, 시제를 모시기 위하여 농작물을 경작한 토지들을 종중의 고유목적사업에 사용하지 않았다고 보는 것은 부당하다.

   중요한 것은 청구법인은 원칙적으로 「법인세법」이 적용되는 법인이 아님에도 비영리법인으로 「법인세법」을 적용받겠다고 신고하여 법인으로 보는 단체에 해당하게 되었기 때문에 일반적인 비영리법인과 같게 볼 수는 없는 것이다. 학술ㆍ종교 등을 목적으로 한 비영리사단법인의 경우 농지를 경작하여 경작물을 판매한 금액을 사업에 충당하더라도 그 농지를 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산이라고 볼 수 없겠지만, 종중의 경우는 과거부터 같은 선조를 모시는 사람들이 함께 모여 살며 농사를 짓고 그 수확물을 재원으로 하여 제사를 지내는 고유한 특성이 존재하여 왔는바, 선산 인근의 농지를 종중의 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산이 아니라고 볼 수는 없다.

   한편, 청구법인이 쟁점토지의 양도차익에 대하여 당초 양도소득세를 잘못 신고하였으므로 이러한 경우 납세의무자는 흡수설에 따라 증액경정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 과세관청의 증액경정사유 뿐만 아니라 당초 신고에 관한 과다신고 사유도 함께 주장하여 다툴 수 있다 할 것이어서(대법원 2013.4.18. 선고 2010두11733 판결) 처분청은 2018.3.6. 청구법인에게 한 법인세 부과처분과 청구법인의 대표자가 2016.7.29. 신고ㆍ납부한 양도소득세 등 모든 세액을 취소하여 환급하여야 한다.

  (2) 처분청은 농어촌특별세의 납부불성실가산세를 계산하면서 미납부세액을 OOO원으로 보았는데 그 근거가 분명하지 않다.

  (3) 설령, 쟁점토지가 고유목적사업에 직접 사용된 것이 아니라 하더라도 청구법인의 문중원인 양OOO가 인근에 거주하면서 1998년부터 쟁점토지에서 8년 이상 직접 경작하였으므로 자경에 따른 감면이 인정되어야 한다(예비적 청구).

   대법원은 자경농지에 대한 감면을 「소득세법」에 규정하였을 당시 위토로 이용된 종중 소유 농지를 종중원이 경작하여 왔다면 위토의 특성에 비추어 자경농지에 해당한다(대법원 1995.6.29. 선고 94누13213 판결)고 하였으며, 조세심판원 역시 종중이 농지를 양도하였을 때 「조세특례제한법」 제69조에 따른 감면이 인정되어야 한다(조심 2009서3351, 2009.12.30.)고 보고 있고, 과세관청도 종중 소유의 농지를 종중 책임 아래 종중 구성원이 8년 이상 재촌자경한 경우에는 자경감면 규정을 적용받을 수 있다는 입장(부동산납세-227, 2014.4.3.)이다.

   특히, 「조세특례제한법 기본통칙」69-0…3 제2항은 “종중소유 농지를 종중원 중 일부가 농지 소재지에 거주하면서 직접 농작물을 경작하는 경우 자경농지로 본다”고 규정하여 종중 역시 위 규정에 따라 감면받을 수 있음을 분명히 하고 있다.

   한편, 위 내용들은 일반적인 양도소득세와 관련된 판례 및 결정들에 관한 것이지만, 단지 법인세를 납부하겠다고 신고하였다는 사실만으로 종중의 성격이 달라지는 것이 아니므로 일반적인 양도소득세를 신고함에 있어서도 여전히 감면이 가능하다고 보아야 한다.

   「법인세법」제62조의2가 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례를 규정하고 있는 것은 자산양도소득에 대하여는 비영리법인으로 하여금 각 사업연도 소득에 대한 법인세 대신 개인과 같은 수준의 양도소득세 상당액을 부담할 수 있게 하고자 하는 것이므로 일반적인 양도소득세에서 적용될 수 있는 감면규정은 청구법인에게도 당연히 적용된다고 보아야 한다.

   결국, ① 청구법인은 비영리사단법인으로 그 재산을 구성원들이 총유의 형태로 소유하며, 각 구성원은 정관 기타 규약에 따라 총유물로서 문중재산을 사용ㆍ수익하면서 기본적으로 일반 농업인과 달리 문중 자체가 직접 경작하기 곤란한 점, ② 종중은 권리주체가 별도로 있는 것이라기 보다는 회장ㆍ대표ㆍ이사ㆍ종중원이 서로 동등한 지위로 있으면서 단지 시제나 회계 등 종중일은 관심 있는 종중구성원이 자발적으로 하고 있는 것이 현실이므로 이러한 종중의 특성상 종종원 일부가 농지소재지에서 거주하면서 직접 농작물을 경작하는 경우에는 자경농지로 보아야 한다는 점, ③ 「조세특례제한법 기본통칙」69-0…제2항이 종중도 위 규정에 따라 감면받을 수 있다고 규정하고 있는 점, ④ 문중원들이 쟁점토지 소재지에 거주하면서 직접 경작한 사실에 대해서 확인하여 주고 있는 점 등을 종합하면, 쟁점토지는 「조세특례제한법」제69조의 자경농지에 해당하는 것으로 보아야 한다.

  (4) 쟁점토지는 OOO간 고속도로 건설사업의 편입용지로 동 사업은 2011.3.21. 사업인정고시를 받았고 쟁점토지는 2013.10.15. 수용되었으며, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁되어 소유권 관련 소송 판결이 확정된 2016.5.2. 양도가 이루어졌다. 따라서 쟁점토지는 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 양도소득으로서 해당 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지인바, 위 조항에 따른 감면이 인정되어야 한다.

  나. 처분청 의견

 (1) 청구법인이 쟁점토지를 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하였는지 여부에 대하여 보면, 양OOO가 1991.1.4.부터 제실을 갖추어 봉제사 및 묘지관리를 하고 관련 비용을 지출한 사실은 청구법인이 제출한 서류를 통하여 확인되나, 쟁점토지가 고유목적사업에 사용되었는지에 대한 판단 요소는 쟁점토지에서 발생한 수입과 지출이 묘소관리에 직접적으로 사용되었는지를 객관적인 증빙자료에 의해 확인할 수 있는지 여부에 달려 있다 할 것이다.

   여기에 대해 보면, 양OOO가 제출한 서류에는 본인이 봉제사 및 묘지관리를 하고 지출한 비용에 대해서만 정리했을 뿐 쟁점토지를 경작하고 발생한 수입 및 비용을 묘소관리에 사용하였다는 어떠한 증거자료도 제출하지 아니하였다.

   또한, 양OOO에게 쟁점토지 경작소득 이외에 다른 소득이 확인되지 않는다는 것은 농지경작으로 인한 수입원이 생계를 위한 지출에 충당되었을 것으로 판단되므로 쟁점토지의 이용소득이 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용된 것으로 인정하기 어렵다.

   또, 양OOO에게 공로금을 지급하기로 한 이사회 회의록(2016.9.5.) 중에서도 ‘조상의 묘를 관리하면서 봉제사를 받들어 왔기에 종손에게 매월 OOO원씩 지급하였고, 앞으로도 지급할 것이다’라고 기재되어 있는 등 봉제사에 사용한 비용 및 생활비 명목으로 매달 일정금액을 지급하여 준 것으로 보이는 등 종중의 고유목적사업에 필요한 비용을 양OOO가 쟁점토지를 경작하여 발생한 수입으로 충당하였다고 볼 수 없다.

   따라서, 쟁점토지에서 수확한 농작물 등을 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용하였다는 객관적인 입증자료가 없으므로 처분청이 청구법인에게 법인세 등을 과세한 처분은 정당하다.

  (2) (쟁점②에 대한 처분청의 의견은 없다.)

  (3) 청구법인은 「국세기본법」 제13조에 따라 신청에 의해 법인으로 보는 단체로 승인되었으며, 법인으로 보는 단체는 「법인세법」제1조 제2항에 따른 비영리 내국법인에 해당한다.

   종중 중에 법인으로 보는 단체가 아닌 1거주자(개인)로 보는 경우는 「소득세법」에 근거하여 8년 이상 자경감면에 대해 검토할 것이나, 청구법인의 경우에는 「국세기본법」 제13조에 따라 신청에 의해 법인으로 보는 단체로 승인되었으며, 법인으로 보는 단체는 「법인세법」 제1조 제2항에 따른 비영리 내국법인에 해당하므로 법인인 청구법인이 개인에게 적용되는 「소득세법」상 8년 이상 자경감면 규정을 적용할 수 없다.

   (4) 청구법인은 쟁점토지의 양도차익이 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생한 소득이므로 그에 대한 감면이 인정되어야 한다고 주장하나, 동 주장은 이 건 법인세 결정당시 이미 감면을 적용(OOO원)하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁  점

  ① 쟁점토지가 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용된 것으로 볼 수 있는지 여부

  ② 농어촌특별세 납부불성실가산세 계산시 적용한 미납부세액이 정당한지 여부

  ③ 청구법인의 종중원이 쟁점토지를 8년 이상 자경하였으므로 8년 자경 감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

  ④ 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

 나. 관련 법령

  (1) 국세기본법

   제13조(법인으로 보는 단체) ② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

   제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다.(단서 생략)

   제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

   1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

     라. 심사청구가 적법하지 아니한 경우

    제81조(심사청구에 관한 규정의 준용) 심판청구에 관하여는 제61조제3항・제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조제1항 중 20일 이내의 기간 은 상당한 기간 으로 본다.

  (2) 법인세법

   제1조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

    2. 비영리내국법인 이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

     다. 「국세기본법」 제13조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 법인으로 보는 단체 라 한다)

   제3조(과세소득의 범위) ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 수익사업 이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

    5. 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

  (3) 법인세법 시행령

   제2조(수익사업의 범위) ② 법 제3조 제3항 제5호 단서에서 대통령령으로 정하는 수입 이란 해당 고정자산의 처분일(「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지・관리 등을 위한 관람료・입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 고정자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 고정자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.

  (4) 조세특례제한법(2016.12.20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것)

   제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

    1. 내국인 이란 「소득세법」에 따른 거주자 및 「법인세법」에 따른 내국법인을 말한다.

   제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 농업법인 이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(단서 생략)

   제77조(공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2018년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 15로 하되, 「공공주택 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다.

    3. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

  (5) 소득세법

   제1조의2(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

    1. 거주자 란 국내에 주소를 두거나 183일 이상의 거소를 둔 개인을 말한다.

 다. 사실관계 및 판단

  (1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다.

   (가) 청구법인이 2016.7.29. 신고한 쟁점토지의 양도소득세 내역은 다음과 같다.

 OOO

   (나) 처분청이 2018.3.6. 청구법인에게 한 2016사업연도 법인세 및 농어촌특별세 경정결의서 내역은 다음과 같다.

  OOO

   (다) 2016사업연도 청구법인에 대한 법인세 과세표준 및 세액결정(경정) 결의서의 농어촌특별세 납부불성실가산세 상세 내역에서 미납부세액이 OOO원으로 기재되어 있으나 그 산출근거는 없다.

   (라) 청구법인은 쟁점토지를 청구법인의 고유목적사업을 위하여 직접 사용해온 고정자산이라고 주장하며, 청구법인의 사업자등록증, 2010.11.20. 제정된 청구법인의 규약, 양OOO의 주민등록 초본 및 농지원부, 경작사실확인서 등을 제출하였다.

  (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여

   (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 문중원들이 쟁점 농지를 경작하고 경작물을 팔아 시제의 제물을 사는데 충당하는 등 쟁점토지를 고유목적사업에 직접 사용하였다고 주장하나, 종중의 성격상 농지는 단순히 재산관리를 목적으로 하는 대상에 불과한 것으로 보이고, 청구법인의 문중원들이 쟁점토지를 경작하고 그 소출을 판매하여 종중시제의 제물을 준비하는 등 청구법인의 고유목적사업을 집행하는 데 필요한 비용을 충당하였다고 하더라도 이는 고유목적사업 수행에 간접적으로 기여한 것에 불과한바(대법원 2017.11.29. 선고 2017두57523 판결, 조심 2017서1288, 2017.6.22. 외 다수, 같은 뜻임), 청구법인이 쟁점토지를 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하였다고 보아 이 건 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

   (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청이 제출한 2016사업연도 청구법인에 대한 법인세 과세표준 및 세액결정(경정) 결의서에 의하면, 2016년 귀속 농어촌특별세 납부불성실가산세 상세 내역에서 미납부세액이 OOO원으로 되어 있으나, 미납부세액은 산출세액(OOO원)에서 기납부세액(OOO원)을 차감하여야 하므로 이를 적용하면 처분청이 계산한 미납부세액이 OOO원은 잘못된 것으로 보인다. 따라서, 처분청이 2016년 귀속 농어촌특별세 납부불성실가산세를 산정함에 있어 산출세액(OOO원)에서 기납부세액(OOO원)을 차감한 OOO원을 미납부세액으로 하여 그 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

   (다) 다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 종중원이 쟁점토지를 8년 이상 자경하였으므로 쟁점토지의 양도로 인한 소득이 「조세특례제한법」 제69조 제1항의 자경농지에 대한 양도소득세의 감면적용대상이라고 주장하나, 청구법인은 「국세기본법」 제13조에 따라 신청에 의해 으로 보는 단체로 승인되었는 바, 법인으로 보는 단체는 「법인세법」제1조 제2항에 따른 비영리 내국법인에 해당하므로 법인인 청구법인이「소득세법」에 따른 거주자에게 적용되는 「조세특례제한법」 제69조의 자경농지에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용하기 어려운 것으로 판단된다.

   (라) 마지막으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지의 양도로 인한 소득이 「조세특례제한법」 제77조의 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면적용 대상이라고 주장하나, 처분청이 제출한 법인세 경정결의서에 의하면, 처분청은 「조세특례제한법」 제77조에 따라 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면을 적용하여 법인세를 경정한 사실이 확인되므로 청구법인의 이 건 청구는 불복청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 아니하여 부적법한 청구에 해당하므로 심리대상에서 제외하는 것이 타당하다고 판단된다.

  4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.